Bitterer Fenchel besitzt einen wesentlich höheren Anteil an dem pflanzlichen Vitalstoff Fenchon. Im süssen Fenchel kommt dieser nicht oder nur in geringer Menge vor.
Fenchon ist das Öl des Fenchels, welches Mikroorganismen nicht mögen. Es besitzt einen bitteren Geschmack und riecht campherartig.